Resulta que los diclonius fueron creados para destruir a la humanidad con sus poderes. Éstos se basan en unas manos invisibles capaces de cortar cualquier cosa, a parte de que los vectores (las manos invisibles) de la protagonista Lucy, llegan a 2 metros de distancia. Al final, cuando Lucy está a punto de escapar, le pegan un tiro en la cabeza por la espalda, y ésta cae al mar, perdiendo el conocimiento.
Kouta y Yuka, unos primos que se separaron hace unos años, ahora se reencuentran para ir a la misma universidad. Van a la playa a recordar los viejos tiempos y encuentran a Lucy sangrando y sin ropa en la orilla. El balazo en la cabeza hizo que Lucy perdiera la memoria, con lo cual ahora apenas sabe hablar. Deciden llamarla "Nyu", porque es lo único que sabe decir.
Luego, cuando Nyu vaya recuperando la memoria veréis su pasado ligado con Kouta...